Extraits de l'Annuaire de L'Yonne de 1846 par LE MAISTRE
(Ouvrage disponible en consultation dans la bibliothèque des archives départementales d'Auxerre)
En décembre 1522, trente à quarante aventuriers de Troyes attaquent, prennent et rançonnent Molosmes.
Cette bande sévissait dans le Tonnerrois et plusieurs de ces malfaiteurs furent pris. Colin Filleul dit Carolus et Jean Copin, deux des pillards de Molosmes ont été exécutés à Dannemoine.
L'église de Molosmes fut reconstruite en 1541 avec une architecture qui caractérise l'époque de la Renaissance. Le clocher, plus ancien, est de style gothique. Et le portail doit remonter à une époque plus reculée, peut-être est-il celui de la première église qui remonterait aux années 520.
On ne connait pas l'auteur de la reconstruction, ni qui en a financé les travaux. En effet, le monastère n'avait pas besoin d'une église et les habitants affranchis depuis moins d'un siècle ne pouvaient pas avoir assez d'argent.
L'église à d'abord été dédiée à Saint Pierre, patron de l'abbaye. Puis ce temple fut placé sous le vocable de Saint Marcel, mais on ne connaît ni le motif, ni l'époque exacte de ce changement.
Il existait quatre cloches fondues aux frais des habitants datant de 1628-1629. Sur la première était gravée l'inscription suivante :
Vox mea nascentis gaudens primordia cantat ; Vox mea defuncti funera moesta gemit.
(traduction : ma voix chante la joie des origines de la nativité; ma voix gémit d'accomplir cette œuvre funeste)
Et sur la deuxième cloche :
Angelicis sociare choris vox nostra valebit, Si quot nos audis numina sancta colas
(traduction : notre voix à la force d'associer le chant et le message, si tu nous entends, combien de choses sacrées cultives-tu ?)
Un acte de 1543 désigne l'abbaye de Molosmes comme limitrophe de Champagne et de Bourgogne , et comme ancien domaine du roi.
Vers 1530, l'école de Luther faisait des progrès rapides et effrayants en France et le concile de Lyon avait été sans le moindre effet pour freiner la hausse du protestantisme.
Ainsi Jean d'Anssienville, 58ème abbé et ami du cardinal Odet de Chatillon se fait influencer par lui et loin de protéger ses religieux en fut même l'oppresseur. D'origine noble, à la tête du clergé, il était pourtant considéré comme hérétique. Il n'avait pas la foi catholique comme le roi se la représentait. Il était marié, convertissait les exercices ecclésiastiques et transforma l'église en un lieu de débauche.
Les ornements furent souillés, les vases sacrés livrés à la profanation. L'or et les pierreries qui décoraient les reliques furent offertes et les reliques de Saint Vallier brûlées ainsi qu'une grande partie des archives. En 1568, les moines furent peut-être même chassés à moins qu'ils ne soient partis d'eux-mêmes.
Pour rétablir l'ordre, le pape Pie IV et le roi Henri III, d'un commun accord chassèrent Jean d'Anssienville et le remplacèrent par Georges de Mandelot, un autre noble prestigieux.
Furieux, Jean d'Anssienville essaie de se venger en plaçant un autre hérétique dans l'Eglise, mais il échouera et après de nombreux procès, le prieur Jacques Arnaud reçoit ses bulles et commence la restauration de Molosmes.
Pour financer la guerre, le roi dû aliéner quelques terres ou biens de l'Eglise. Par exemple en 1575, les métaieries de Vaudelevée et de La Fayette ainsi que plusieurs autres pièces de terre. Ces impôts extraordinaires touchent également le peuple jusqu'à la fin du XVIème siècle. Et Molosmes sera ruinée au début du XVIIème siècle.
Le 18 juillet 1613, un trésorier général de France, Nicolas Le Gras, présent à Tonnerre, est envoyé sur place pour vérifier l'état de ruine qui date depuis un certain temps.
Dès le lendemain, pendant la régence de Marie de Médicis et de Concino Concini, maréchal d'Ancre, un arrêt fut signé pour exempter Molosmes de l'impôt de droit d'entrée.
